PT Subur Agro Makmur mengajukan banding atas Keputusan Direktur Jenderal Pajak terkait Surat Ketetapan Pajak Lebih Bayar PPN Masa Desember 2015. Pokok sengketa muncul akibat perbedaan perhitungan Pajak Masukan yang dapat dikreditkan. Terbanding menetapkan Pajak Masukan sebesar Rp10,255 miliar, sementara Pemohon Banding mengklaim jumlah yang lebih tinggi, yakni Rp10,513 miliar. Selisih Rp258.217.469,00 inilah yang menjadi obyek sengketa: terdiri dari Rp2.547.600,00 karena jawaban konfirmasi “Tidak Ada” dan Rp255.669.869,00 yang berasal dari Faktur Pajak terlambat masa, yaitu faktur bulan September–November 2015 yang baru dikreditkan pada pembetulan Masa Pajak Desember 2015.
Majelis terlebih dahulu menilai koreksi sebesar Rp2.547.600,00 yang disebabkan jawaban konfirmasi “Tidak Ada” dari KPP lawan transaksi. Terbanding menilai bahwa PKP penjual belum melaporkan PPN keluaran atas transaksi tersebut sehingga Pajak Masukan tidak memiliki dasar untuk dikreditkan. Pemohon Banding berargumen bahwa faktur tersebut sah secara formal dan material, telah dibayar kepada PKP penjual, dan tidak menimbulkan kerugian negara. Namun, setelah menilai bukti arus uang dan arus barang, Majelis menyatakan bahwa tidak terdapat cukup bukti yang menunjukkan bahwa transaksi itu benar terjadi. Karena tidak dapat diyakini kebenaran materiilnya, Faktur Pajak dengan status konfirmasi “Tidak Ada” tidak dapat dikreditkan, sehingga koreksi Terbanding sebesar Rp2.547.600,00 dipertahankan.
Berbeda halnya dengan koreksi besar kedua, yaitu Rp255.669.869,00 terkait Faktur Pajak terlambat masa pajak. Terbanding berpendapat bahwa karena faktur-faktur tersebut diterbitkan dalam masa September–November 2015 tetapi dilaporkan dalam pembetulan Masa Desember 2015 pada Oktober 2016, maka pengkreditan tersebut melebihi batas waktu tiga bulan sebagaimana dimaksud Pasal 9 ayat (9) UU PPN. Pemohon Banding menegaskan bahwa penggunaan kata “dapat” dalam pasal dan penjelasan UU menunjukkan bahwa pengkreditan masih diperbolehkan melalui pembetulan SPT, sepanjang tidak menimbulkan kerugian negara.
Majelis sependapat dengan Pemohon Banding. Berdasarkan pemeriksaan faktual dan ketentuan Pasal 9 ayat (9) UU PPN beserta penjelasannya, Majelis menyatakan bahwa pengkreditan faktur pada SPT Pembetulan masih dapat dilakukan selama memenuhi syarat formal-material dan selama pajak belum dibebankan sebagai biaya. Karena itu, Faktur Pajak Masukan sebesar Rp255.669.869,00 dapat dikreditkan dan koreksi Terbanding atas bagian ini harus dibatalkan.
Meski demikian, satu anggota hakim, yaitu Hakim Ketua, menyampaikan pendapat berbeda (dissenting opinion). Menurutnya, penjelasan Pasal 9 ayat (9) secara tegas mengharuskan pengkreditan dilakukan paling lambat tiga bulan setelah berakhirnya Masa Pajak atau melalui pembetulan pada masa yang bersangkutan. Dalam perkara ini, pembetulan dilakukan hampir setahun kemudian, sehingga menurut pendapat berbeda tersebut, pengkreditan tidak dapat dibenarkan. Namun, pendapat mayoritas Majelis tetap menjadi putusan.
Pada akhirnya, Majelis melalui suara terbanyak mengabulkan sebagian banding Pemohon Banding. Koreksi karena Faktur Pajak “Tidak Ada” sebesar Rp2.547.600,00 dipertahankan, sementara koreksi karena Faktur Pajak masa tidak sama sebesar Rp255.669.869,00 dibatalkan. Dengan demikian, Pajak Masukan yang dapat diperhitungkan ditetapkan kembali dan jumlah pajak yang telah dihitung dalam SKPLB disesuaikan sesuai putusan.
—→ Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-002213.16/2019/PP/M.IVA Tahun 2021